A Faperr, como órgão de fomento à ciência, tecnologia e inovação, tem como missão contribuir para o estabelecimento de condições favoráveis ao desenvolvimento da pesquisa científica do Estado de Roraima. Cabe à pesquisa ser papel-chave para a construção de uma cidadania digna e plena para o desenvolvimento cultural e socioeconômico, na promoção do bem-estar da população.
A Faperr, que é o órgão executor da política de Ciência, Tecnologia e Inovação formulada pelo Governo do Estado de Roraima, também contribui com elementos que auxiliam na orientação desta política, visando a construção de uma nação soberana e comprometida com os valores da justiça, da paz e da ciência.